研究所採用「戰略治理、專業研究、專案執行、公共傳播與行政保障」相互分工的組織模式。人員姓名和法定職務由管理員在完成內部授權後發布。
理事會
戰略方向、制度監督、重大事項審議
學術委員會
學術標準、研究倫理、成果評議
執行管理
所長與執行管理層
年度計畫、預算、人事、專案與對外合作
研究體系
專案與支援體系
各中心可根據課題設立專案組、區域觀察組和外部專家網路；人員名單、法定職務與授權範圍由後臺獨立維護。
治理與職責邊界
理事會負責戰略方向、制度監督與重大事項審議；學術委員會負責學術標準、研究倫理與成果評議；執行管理層負責年度計畫、預算、專案和對外合作。各研究中心承擔議題研究與成果生產，傳播和支援部門負責出版、活動、數位平臺、財務與行政合規。